Plateforme Biologie

Coordination : Yvan Delaunoit – CNRS UMR 8161, Directeur de l’Institut de Biologie de Lille

La plate-forme « Biologie » d’ONCOLille a des champs de compétence très vastes. Support des programmes de recherche, elle facilite l’interface entre les chercheurs d’ONCOLille et 5 plateaux techniques qui permettent l’accès privilégié à des méthodes d’analyses très performantes des cellules tumorales et des échantillons de tumeurs.

Banque de Tumeurs (Marie-Christine Copin, CHRU Lille) et Génétique des Tumeurs (Nicole Porchet, CHRU Lille)

Situées dans le centre des ressources biologiques du CHRU de Lille, en réseau avec 28 autres plates-formes nationales, ces deux services sont exclusivement dédiés à la cancérologie. Aussi, tous les projets de recherche d’ONCOLille y ont directement accès.

  • La Banque des Tumeurs ou « Tumorothèque » de Lille,  l’une des plus importantes de France, est une structure partagée entre le CHRU de Lille et le Centre Oscar Lambret. Elle organise la prise en charge, la classification histologique et biologique puis la cryo-préservation de cellules tumorales (hémopathies malignes), de tissus tumoraux et également de tissus sains  adaptés aux études moléculaires portant sur l’ADN, l’ARN et les protéines.
    Ces échantillons, avec l’accord des patients,  sont ensuite à la disposition de la pratique clinique et de la recherche après accord du comité scientifique de la Tumorothèque. La majorité  des projets en cours au sein d’ONCOLille, font appel aux échantillons et données génétiques des tumeurs préservés par la tumorothéque. Celle-ci centralise également les informations cliniques et histologiques nécessaires à l’interprétation pertinente des données biologiques obtenues dans le cadre des projets de recherche.

 

  •  La plateforme de « Génétique des tumeurs » est une plateforme mise en place pour effectuer des analyses de marqueurs prédictifs de certaines tumeurs en vue de choisir la stratégie thérapeutique la plus adaptée aux patients ou de marqueurs de diagnostic et de suivi de la pathologie. En 2013 et 2014, plus de 25000 analyses ont été effectuées en hématologie et les tumeurs solides de 3600 patients ont été analysées en 2013.
    En association avec la Tumorothèque et la plateforme de Génomique fonctionnelle,  cette plateforme est impliquée dans des projets de recherche ambitieux  de développement de nouveaux tests moléculaires prédictifs et de nouveau marqueurs pour le pronostic des tumeurs malignes.

La plateforme « Génomique Fonctionnelle et Structurale » (Dr. Martin Figeac, IRCL)

Plus de 80 % de son activité est consacrée à la mise en évidence d’altérations génétiques et génomiques au sein de tumeurs hématopoïétiques (axe «Dormance») et de tumeurs solides (axe «Résistance»). Une trentaine de projets de recherche d’ONCOLille bénéficient des services de la plateforme de génomique.

La plateforme  “Protéomique” (Christian Rolando, Université Lille 1)

Environ 20 % de son temps est dédié aux projets en oncologie. Labellisée IBISA ce qui témoigne de son excellence, elle est très souvent un élément pivot à la résolution des problématiques scientifiques spécifiques d’ONCOLille grâce à une identification très précises des protéines (4000 protéines, 20 000 peptides) présentes dans le tumeurs Elle est également capable d’identifier des modifications particulières des molécules (déamination, oxydation, phosphorylation…) ce qui est crucial à la compréhension des mécanismes pathologiques au sein des cellules tumorales.

La plateforme Chimie des Peptides (Oleg Melnyk, IBL)

Environ 40 % de son activité est consacrée à des projets de recherche dans le domaine de la cancérologie, (la plupart étant liés aux activités d’ONCOLille. Forte de son expertise en chimie des peptides, cette plateforme travaille en association à certains projets d’ONCOLille au développement d’inhibiteurs spécifiques de récepteurs et d’enzymes  impliqués dans le processus tumoral.

Le développement de nouvelles activités

Grace à l’appui d’ONCOLille, de nouveaux équipements ont été acquis afin de renforcer certaines plates-formes telles que la génomique fonctionnelle et structurale avec, par exemple, l’achat d’un séquenceur à haut débit type Ion Proton, indispensable aux projets des deux axes.

4 ingénieurs d’étude ou de recherche ont pour mission de développer de nouvelles  activités  au sein cette plate-forme « Biologie » en lien direct avec les programmes de recherche d’ONCOLille :

  • «Elaboration de modèles cellulaires de dormance tumorale »
  • «Ciblage des cellules tumorales dormantes» cette plate-forme de screening extrêmement sensible pour identifier des molécules actives.
  • « L’hypoxie dans le développement des tumeurs » : problématique de plus en plus cruciale en cancérologie.
  • « Etude du cancer gastrique », un cancer dont la sur-incidence régionale est importante.

Cette stratégie d’intégration directe des ingénieurs dans les équipes de recherche est d’une très haute valeur ajoutée pour les développements technologiques.

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Pr. Yvan Delaunoit, coordinateur de la plateforme « Biologie »